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素直に置換してみました。

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import java.util.ArrayList;
import java.util.Arrays;
import java.util.List;

public class Answer103 {
    public static List<String> solveAmida(String[] input) {
        List<String> symbols = Arrays.asList(input[0].split("\\s+"));
        List<String> result = new ArrayList<String>(symbols);
        for (String line: input) {
            String[] separators = line.split("\\|");
            for (int index = 0; index < separators.length; index++) {
                if (separators[index].startsWith("-")) {
                    result.add(index - 1, result.remove(index));
                }
            }
        }
        return result;
    }

    public static void main(String[] args) {
        String[] amida = new String[] {
                        "A B C D E",
                        "| | |-| |",
                        "|-| | |-|",
                        "| |-| |-|",
                        "|-| |-| |",
                        "|-| | | |",
                };
        for (String line: amida) {
            System.out.println(line);
        }
        List<String> result = solveAmida(amida);
        for (String str: result) {
            System.out.print(str);
            System.out.print(" ");
        }
        System.out.println();
    }
}


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