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SQLは文字列操作が苦手だけど、無理してやってみました。おそらくMySQL以外では動きません。他のDBでは関数等を読み替えてください。

インデックスを張ってやれば、件数が増えてもパフォーマンスが期待できるところが強みです。検索はSQLを使い、文字列の加工などは呼び元の高級言語（CとかJavaとか）で行うというのが王道かと。

-- パス一覧の作成
create table fs(path char(80) primary key);
insert into fs values("aaa/bbb");
insert into fs values("aaa/ccc");
insert into fs values("aaa/ddd/eee");
insert into fs values("aaa/ddd/fff");
insert into fs values("bbb/ddd/eee");
-- "aaa/" の検索
select distinct substr(
           path, length(dir) + 1,
           case instr(path, "/") when 0 then 80 else (instr(path, "/")) end
       ) ls
  from fs, (select "aaa/" dir) _dir
 where path like concat(dir, "%");
-- "aaa/ddd/" の検索
select distinct substr(
           path, length(dir) + 1,
           case instr(path, "/") when 0 then 80 else (instr(path, "/")) end
       ) ls
  from fs, (select "aaa/ddd/" dir) _dir
 where path like concat(dir, "%");

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